最近のOCRソフトには、PDFやテキスト以外にオフィス系アプリ（ワード、エクセル、パワーポイント）へ保存できるものが沢山あります。
しかし、オフィス系アプリへ変換を行い、すぐに利用できるほど変換精度の高いOCRソフトはほとんどありません。
チェック・修正、特にレイアウト等の修正に膨大な時間をかけるくらいならば、最初から作り直した方がマシではないか…というケースも決して少なくありません。
そこで、お勧めしているのは「OCRかけっぱなし」と「しおりの自動付加」です。
これならば、全文検索としおりの活用ができ、納期面・コスト面共に納得いただけるのではないでしょうか。
もう少し検索の精度を高めたいならば、見出しレベル（章・節・項…）だけチェック・修正を行うという方法があります。
また、文字化けやあきらかな読取りエラーだけ修正する方法もあります。
「e.Typist」には全文解析という機能があり、疑わしい語句だけ拾い出すことができます。
これはワードの校正ツールに似たものですが、「読んde!!ココ」や「読取革命」等他のOCRソフトにはない機能です。
「e.Typist」には、全文解析以外に置換リストという機能もあり、これは置換前、置換後の文字列をテキストデータとして保存し、一括で置換を行うことができます。
これらのツールを活用すれば、それほど手間をかけずにある程度の品質向上が図れます。
どうしてもオフィス系のデータとして再利用したい場合には、テキスト、図、表の各要素に分類して、テキストデータ、イメージデータ、エクセルデータとして完成させた後に、オフィス系アプリへ統合する方法があります。
いきなりオフィス系アプリ（ワード、エクセル、パワーポイント）に変換して、チェック・修正、レイアウト修正を行うよりは、いくらかは作業が軽減できると思います。
いずれにしても、どこまで時間とコストを捻出できるのかによるのではないでしょうか。